Analiza bioinformatyczna i porównawcza genomów bakteryjnych
Analiza danych genomowych bakterii z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych, w tym workflow dostępnych w Galaxy Europe oraz narzędzi specjalistycznych.
Zakres może obejmować adnotację genomów, identyfikację taksonomiczną i ANI, identyfikację genów AMR, wirulencji, bakteriocyn i innych cech funkcjonalnych, analizę plazmidów i elementów mobilnych, profagów i CRISPR-Cas, pangenomu, core/accessory genome, obecności/nieobecności genów, filogenomikę, porównania genomów i wybrane analizy szlaków metabolicznych.
Wyniki są interpretowane biologicznie w kontekście fenotypu, bezpieczeństwa i planowanego zastosowania szczepu.
Sekwencjonowanie nie jest wykonywane w Pracowni Mikrobiologii Stosowanej; analizowane mogą być dane dostarczone przez klienta lub uzyskane we współpracy z pracownią sekwencjonowania.